Τo όργανο διοίκησης κάθε σχολείου της πρωτοβάθμιας εκπαίδευσης είναι ο διευθυντής, ο υποδιευθυντής και ο σύλλογος διδασκόντων.
Σημαντικό ρόλο επίσης στην λειτουργία κάθε σχολικής μονάδας έχει και η σχολική επιτροπή που συνδέει το σχολείο με την τοπική αυτοδιοίκηση. Μέσω της σχολικής επιτροπής το σχολείο λαμβάνει τα απαραίτητα για την λειτουργία του οικονομικά κονδύλια.